本科教育目標為建立學生自動化控制之知識與技能，並能應用在生物產業之發展，以培育務實致用的人才，進而奠定其生涯發展之基礎。以下為本科教育重點：

1. 建立機械工程領域之相關知識、設備操作與量測、設計製圖、加工製造與管理維護等基礎人才。
2. 落實技能實習，透過教育訓練及技能檢定，培養學生熟練之專業技能，如機電整合、自動化工程是認證等。
3. 培育生物產業自動化之基本概念與維修、管理的基礎人才以及職場所需安全衛生和職業道德素養。
4. 將科技知能與素養融入專業課程，培育學生現代科技應用能力與應有的科技倫理。
5. 鼓勵學生參與校外競賽，激發學生創意潛能，開展其創造力並增進創意思考進而培育適應社會變遷之能力。
6. 與業界合作開設相關新興科技知能研習，拓展學生視野，厚植學生進入科大與社會持續發展和學習的能力。